Разрешено ли пассажирам с верхних полок сидеть на нижних?

Официально, да! Но только по расписанию.

Пассажиры с нижних полок обязаны уступать места пассажирам с верхних для приёма пищи в определенные временные промежутки. Такие правила Минтранса для пассажиров поезда вступили в силу ещё 1 сентября прошлого года и будуn действовать как минимум до 2029 года.
Поэтому в случае недопонимания с соседями, пассажиры с обеих сторон (или, в данном случае, полок) вправе обратиться с жалобой к проводникам. Возможно, даже кому-то придётся стоять над своими соседями с секундомером, в ожидании, когда они закончат трапезу. В остальных случаях, пассажиры обязаны сидеть строго по своим местам.
В отношении других проблемных моментов совместного путешествия на поездах – особенно, касающихся шума, грязи и запахов — в актуальных правилах прописали запрет на включение музыки через колонки, игру на музыкальных инструментах или пение в микрофон. Пассажирам также не рекомендуется смотреть фильмы или слушать музыку без наушников.
А вот в отношении внешнего вида, правила РЖД запрещают «нахождение физических лиц в пачкающей одежде, имеющей зловонный запах, которая может загрязнить вагон и вещи других пассажиров». Это правило относится как к поездам дальнего следования, так и к электричкам.